制藥廢水中，常常由不同的藥劑組成，其包括了抗生素、合成藥物甚至中成藥生產過程中的廢水，成分十分復雜。與其他工業的廢水不同，制藥廢水中的有機物含量特別多，用普通的生物方法難以去除。又由于其顏色比一般廢水要深而且含鹽量很高，從生化的角度來說，很多處理廢水的方法無法使用。制藥過程中產生的廢水主要有四個方面，首先是母液，藥品多直接從母液中析出，因此母液中藥物濃度比較高。其次是沖洗廢水，沖洗各種器材或者材料產生的洗滌用的廢水。之后是收集殘液和輔助過程中排出的廢水。本次的研究主要以母液為研究對象。

目前比較流行的方法有物理方法、化學方法和生物學方法，但是處理的效果都不是很理想。例如電化學預處理技術，雖然去除率較為穩定，但是也只有45%的去除率，也就是說有一半的污染物無法處理。同時由于需要直流電，因此能耗較大，對于器材和場地的要求較多，步驟也比較繁瑣。對于制藥廢水的顏色處理也不理想。最近新興的技術有Fenton技術，通過鐵離子催化過氧化氫生成氧化劑，將水中的有機物進行氧化分解，伴隨著鐵水絡合物的沉降作用，可以減少制藥廢水的著色，達到去除有機物及色度的目的。此類技術目前接近開發完成，是處理制藥廢水的一種十分有效以及經濟的方法。